Tra la fine degli ottanta e primi anni novanta, non essendoci in Umbria altre realtà calcistiche al femminile, la Grifo viene inserita nel girone delle Marche. Il primo allenatore della storia della Grifo è il compianto Walter Vincenti, il quale raggiunge con le sue ragazze un quarto posto di tutto rispetto. Nei due anni successivi si succedono sulla panchina biancorossa Elvio Rossi prima e Marcello Vaccai poi. La stagione 95/96 è segnata dal ritorno di Vincenti e la Grifo Perugia si aggiudica la Coppa Marche. E’ il preludio alla prima vera gioia per la società del presidente Lamberto Roscini. La Grifo infatti nella stagione successiva conquista la promozione in serie B, riuscendo poi a centrare nel successivo campionato cadetto un buon quinto posto, anche grazie alle ventitre reti messe a segno dall’attaccante Elia.

A Vincenti, successe Danilo Dominici, che sfiora ripetutamente la promozione in serie A. L’ultimo, vano tentativo, nell’anno del Giubileo, quando la Grifo esce sconfitta dalla finale play-off.  Dopo la delusione c’ è aria di cambiamenti, infatti per la stagione 2001/02 subentra Oliviero Montanelli. Inoltre all’interno della rosa si verificano diversi cambianti. La squadra rinnovata e soprattutto giovane paga un po’ di inesperienza e chiude a metà classifica. Il campionato 2002/03 riserva un’altra grande soddisfazione sportiva per la società biancorossa: con una serie infinita di vittorie la Grifo Perugia domina il proprio girone della serie cadetta e accede per la prima volta in serie A2. La prima avventura in si chiude con un meritatissimo quinto posto. Montanelli rimarrà per otto anni alla guida della squadra fino a lasciare al termine della stagione 2008/09.  In questi anni la Grifo ha disputato sempre campionati di vertice (5° posto 2010/2011, 3° posto 2009/2010), meritandosi cosi la permanenza in A2, aumentando il suo prestigio fino ad arrivare ad essere una delle società più apprezzate nel palcoscenico del calcio femminile, avendo inoltre “sfornato” talenti e lanciato giovani ragazze nel giro delle varie nazionali azzurre.

Dopo Montanelli si apre un’altra importante era, quella di Michele Scapicchi in panchina e Valentina Roscini, ex portiere biancorosso e figlia di Lamberto, al vertice della compagine dirigenziale. Una scelta votata ai giovani che nel giro di pochi anni consente alla Grifo di toccare il punto più alto della sua storia, conquistando nella stagione 2011-2012 la promozione nella massima serie del calcio femminile. La “vera” serie A, a cui le grifoncelle arrivano attraverso un campionato da assolute protagoniste, lasciandosi alle spalle le temibili rivali del Siena. Approdata nell’olimpo del calcio tinto di rosa, la Grifo fatica a prendere le misure contro avversari più quotati, ma con il trascorrere della stagione recupera punti e credibilità, tanto da conquistare un’insperata salvezza nello spareggio contro il Fiammamonza (2012-2013).

Durante l’estate, Scapicchi annuncia il suo addio e il desiderio di misurarsi come allenatore nel calcio maschile. Al suo posto subentra il valente Giacomo Sciurpa, che tanto bene aveva fatto con le giovani della Primavera. La Grifo, però, non è quella della stagione precedente. Sciurpa stenta a trovare risultati e un dialogo costruttivo con lo spogliatoio. Una situazione complicata, che porta inevitabilmente alla separazione, per altro voluta dallo stesso tecnico. A Sciurpa succede Giovanni Fiorucci, responsabile del settore giovanile, ma la musica non cambia. La Grifo, giornata dopo giornata, scivola sempre più in basso e la retrocessione diventa realtà.

La stagione 2013-2014, pur segnata dall’amaro epilogo della prima squadra, resta un’altra importante tappa della storia biancorossa. La Primavera dell’ex grifona Valentina Belia, a dispetto di ogni pronostico, vince il girone eliminatorio toscano e alla finali nazionali supera tutti gli ostacoli, fino ad arrivare al successo finale, che consente alla Perugia del calcio femminile, di conquistare il primo “scudetto” a livello giovanile. Da segnale anche le convocazioni al mondiale under 17 in Costa Rica, delle attaccanti biancorosse Gloria Marinelli e Martina Ceccarelli, che con il gruppo azzurro hanno conquistato la medaglia di bronzo.

Nelle due stagioni successive la Grifo Perugia si misura con buoni risultati nel campionato di serie B, senza però riuscire a centrare il primo posto che vale la promozione. Valentina Belia, promossa in prima squadra dopo gli ottimi risultati con le giovanili, non va oltre due terzi posti.